Secara umumnya, Mutiara Naga mengisahkan pengembaraan Son Goku dan rakan-rakannya untuk mengumpul Mutiara Naga bagi tujuan memohon hajat. Cerita bermula ketika dia masih lagi seorang budak kecil iaitu setelah terserempak dengan Bulma yang sedang mencari Mutiara Naga tersebut. Namun begitu, pengembaraan Goku bukanlah semudah yang disangka kerana sering diganggu oleh musuh-musuh yang ingin menghalangnya. Kisah Mutiara Naga tetap berterusan sehinggalah dia berkahwin dengan Chichi, mempunyai anak dan seterusnya sehingga dia menjadi seorang datuk. Pada mulanya, cerita Mutiara Naga hanyalah sekadar kisah pengembaraan, tetapi lama-kelamaan gaya penceritaan berubah kepada elemen perlawanan.

Jalan cerita bagi episod-episod terawal Mutiara Naga adalah berasaskan karya sastera tradisional Cina iaitu Perjalanan ke Barat (西遊記).